Pengendalian manajemen sebelum berlakunya Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah ( SPIP) telah dikenal dengan nama Pengawasan Melekat (WASKAT) berdasarkan Instruksi Presiden Nomor 1 Tahun 1989 tentang Pedoman pelaksanaan Pengawasan Melekat dan Keputusan Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara Nomor 30 Tahun 1994.
Apa itu Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP), Sistem Pengendalian Intern Pemerintah yang disingkat dengan SPIP adalah suatu sistem yang dapat memberikan keyakinan memadai agar penyelenggaraan kegiatan pada suatu instansi pemerintah dapat: 1. Mencapai tujuannya secara efektif dan efisien; 2. Melaporkan pengelolaan keuangan negara secara handal; 3. mengamankan asset negara; 4. Mendorong ketaatan terhadap peraturan perundang undangan.
Bentuk pendekatan pengendalian yang digunakan pada Pengawasan Melekat (Waskat) adalah Pengorganisasian, Personil, Kebijakan, Perencanaan, Prosedur, Pencatatan, Pelaporan dan Reviu Intern, sedangkan pendekatan pada manajemen pengendalian melalui SPIP menggunakan unsur – unsur Lingkungan Pengendalian, Penilaian Resiko, Kegiatan Pengendalian, Informasi dan Komunikasi, dan Pemantauan Pengendalian Intern. Kemudian perbedaan yang tajam diantara kedua manajeman pengendalian tersebut adalah pada Pengawasan Melekat ( WASKAT) lebih menjadi tanggungjawab pimpinan atasan langsung sedangkan untuk Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) tanggungjawab pelaksanaannya adalah menjadi tanggungjawab seluruh pegawai yang ada dalam suatu organisasi.
Pada Lingkungan pengendalian terdapat 8 sub unsur yang harus dibangun di Perangkat Daerah (PD), Penilaian Risiko berangkat dari proses bisnis untuk dilakukan identifikasi Risiko dan analisa Risiko yang menghasilkan peta risko selanjutnya dibuat daftar urutan prioritas risiko dan daftar risiko yang akan ditangani. Minimal daftar Risiko yang dibuat oleh Perangkat Daerah mengenai pengelolaan aset, pengelolaan keuangan, serta risiko yang berdampak pada pencapaian IKU atau kegiatan utama Perangkat Daerah yang sangat dominan/berpengaruh dalam mewujudkan pencapian IKU. Kegiatan pengendalian terdiri 11 aktivitas pengendalian yang perlu dibangun di Perangkat Daerah. Informasi dan Komunikasi, dibangun melalui sarana pencatatan dan pelaporan. Terakhir Pematauan yang fungsinya untuk menilai kualitas kinerja dan memastikan bahwa rekomendasi hasil audit dan reviu lainnya dapat segera ditindaklanjuti.
Dalam penerapan penyelenggaraan SPIP di Pemerintah Kabupaten Gunungkidul telah ditetapkan Peraturan Bupati Gunungkidul Nomor 6 Tahun 2011 dan Peraturan Bupati Gunungkidul Nomor 44 Tahun 2012. Dalam rangka percepatan penyelenggaraan SPIP, setiap Perangkat Daerah (PD) untuk membentuk Satuan Tugas (Satgas) SPIP yang mempunyai tugas membantu pimpinan dalam melaksanakan pengendalian internal beserta penyusunan laporannya.